Hay numerosas diferencias entre estos dos métodos de estudio por imágenes en medicina. Por un lado, el principio básico de funcionamiento es totalmente distinto entre ambas. En la Resonancia Magnética se utiliza un magneto y antenas o boninas receptoras de la señal que el cuerpo emite; la Tomografía Axial Computarizada se basa en la utilización de rayos X que luego de pasar a través del cuerpo, serán captados por los detectores para la generación de imágenes.

Asimismo, los equipos visualmente son diferentes. Mientras que el resonador abierto es un espacio donde se debe ingresar la camilla en su totalidad durante todo el examen para centrar la zona a estudiar el tomógrafo es sólo un aro a través del cual pasa la camilla de un lado a otro durante todo el estudio.

La Tomografía Axial Computarizada es más específica para la visualización de lesiones óseas, diagnóstico de patologías pulmonares o de tórax y la detección y seguimiento de enfermedades oncológicas. La Resonancia Magnética es más utilizada para examinar tejidos blandos en lesiones de ligamentos y tendones, lesiones de médula espinal y columna vertebral, patologías cerebrales, etc.